In de discussie over de effectiviteit van vernieuwingsscholen zorgen de begrippen onderwijsvernieuwing en innovatie voor verwarring.
Vernieuwingsscholen hanteren andere uitgangspunten over leren die gevolgen hebben voor de inrichting en vormgeving van het onderwijs. Ook wanneer zij spreken over onderzoek, dan heeft dat onderzoek betrekking op deze nieuwe manier van werken (zie Kohnstamm instituut Toekomstgericht werken). ‘Buitenstaanders’ die kritiek hebben op vernieuwingsscholen hebben een andere definitie van de begrippen vernieuwing en innovatie. Vernieuwing staat op anders werken' in het onderwijs (Agora, Leerpleinen, Formatief handelen, AI, etc.). In scholen wordt vernieuwing vaak gelijkgesteld aan innovatie. Innovatie gaat echter niet over ‘andere uitgangspunten’ of ‘anders werken’ voor de inrichting van het primaire proces maar over een nieuwe (innovatieve) uitkomst. Wanneer een organisatie haar interne processen anders inricht, maar de uitkomst van het product blijft min of meer gelijk, dan is er geen sprake van product-innovatie of innovatie van de dienstverlening. Als Apple haar interne processen had vernieuwd zonder dat er innovatieve producten op de markt waren gekomen, dan had het succes (iPad iPhone) nooit zo groot geweest. Voor het onderwijs betekent dat je na vernieuwing van je onderwijsconcept en het primaire proces pas kunt spreken van innovatie wanneer de leerlingen met andere bagage de school verlaten.
De onderzoeksmethode van het Kohnstamm instituut Toekomstgericht onderwijs gaat helaas vooral over een andere aanpak van het primaire proces maar nauwelijks over te meten nieuwe bagage voor de leerlingen. Want als bij de vernieuwingsscholen het daarover gaat, dan zijn deze bevindingen vooral beschrijvend en nauwelijks (empirisch) onderzocht. Ook constateren zij zelf dat ze nog een weg te gaan hebben en nog niet tevreden zijn. Vernieuwingsscholen die innovatief onderwijs verzorgen doen er goed aan om in discussies niet de focus te leggen op nieuwe onderwijsconcepten maar op de innovatieve opbrengsten voor leerlingen. Dat vraagt een andere dialoog met wetenschappers, waar zij zelf heel veel van kunnen leren. Het wordt tijd dat de vernieuwingsscholen zelf gaan innoveren, met de focus op het realiseren en meten van innovatieve opbrengsten voor de leerlingen. Doen de vernieuwingsscholen dat niet, dan is hun lot bezegeld. Ze belanden in het rijtje Middenschool, Mavo-project, Slash 21, Natuurlijk leren, tweede fase onderwijs, enz. En dat zou jammer zijn, met name van de leerlingen die zonder extra bagage de school verlaten.